Затем с 1954 по март 1961 годы работал в комсомольских органах Александровского, Спицевского, Целинного РК ВЛКСМ Калмыцкой автономной области и Красногвардейского райкомов ВЛКСМ и крайкоме ВЛКСМ.

1961-1982 годы работает в советских и партийных органах, в должности инструктора Ставропольского Крайкома КПСС, председателя Исполкома Изобильненского районного Совета депутатов трудящихся и 1-го секретаря Труновского райкома КПСС.

В период с 1964 по 1970 годы был избран председателем исполкома Изобильненского районного Совета депутатов трудящихся. По инициативе Гоноченко А. А. и его активной деятельности село Изобильное было преобразовано в город. При его участии были построены современные дома, дороги, уличные освещения, районная больница, кинотеатр, административное здание, ретранслятор, школы, водовод, консервный и сахарный заводы, завод «Атлант». Начато строительство Ставропольской ГРЭС, ко всем населённым пунктам строятся дороги, в ряде сёл строятся школы, клубы, кинотеатры и другие социально-культурные объекты.

Активное участие принимал А. А. Гоноченко в развитии сельскохозяйственного и промышленного потенциала района, большое внимание уделял строительству газопровода «Ставрополь-Москва», строились и эксплуатируются орошаемые земли, в том числе и малое орошение. Район из отстающего субъекта, стал в крае передовым.

В октябре 1970 года Гоноченко А. А. возглавил оргбюро по воссозданию Труновского района, впоследствии был избран первым секретарём Труновского РК КПСС, где проработал более 11 лет. За короткое время в районном центре и в населённых пунктах района появились газ, вода, больницы, школы, дороги, интенсивно строилось орошение. Валовое производство сельскохозяйственной продукции за этот период, удвоилось. Благодаря умению Алексея Алексеевича, его правильному подбору и расстановки кадров, Труновский район неоднократно занимал первые места в крае по показателям социально-экономического развития.

1982-1997 годы А.А.Гоноченко - руководитель управления «Ставропольавтодор», затем руководитель группы заказчика Минавтодор РСФСР, начальник специализированного предприятия «Спецдоржилстрой» Министерства автомобильных дорог.

За период работы начальником управления «Ставропольавтодор» дорожное хозяйство края развивалось самым интенсивным образом. Краевое дорожное управление из отстающего предприятия с 81 места по РСФСР, выходит на первое место и неоднократно награждается переходящим знаменем ЦК КПСС, Совета Министров СССР, ВЦСПС и ЦК ВЛКСМ, знаменем Совмина РСФСР и ВЦСПС, знамя Минавтодора РСФСР в течение 7 лет находилось в крае постоянно. Опыт работы «Ставропольавтодор» обобщался Министерством автомобильных дорог РСФСР и распространялся в республике.

В селе Грачёвка Грачёвского района построен целый посёлок для дорожников Крайнего Севера.

За высокие показатели в развитии дорожной отрасли края Алексею Алексеевичу присвоено звание «Почётный дорожник Российской Федерации».

А.А.Гоноченко многократно избирался в краевой Совет депутатов.

Являясь председателем Совета Старейшин при председателе Думы Ставропольского края, Гоноченко А.А.вёл активную общественную работу. Он на протяжении 20 лет работал в Краевой ветеранской организации, более 10 лет являлся председателей краевого Совета ветеранов. Алексей Алексеевич в течение 10 лет возглавлял краевой Совет ветеранов, уделяя большое внимание социальной защите и помощи людям старшего поколения. По его инициативе и непосредственном участии принят закон о «Детях войны», обеспечивающий ежегодную денежную выплату этой категории ветеранов. По инициативе Гоноченко А.А. в крае активизировалась военно-мемориальная работа, во многих городах и районах установлены памятники труженикам военного тыла и «детям войны».

Заслуги Гоноченко Алексея Алексеевича 'по достоинству оценены государством. Он награждён тремя орденами Трудового Красного Знамени, орденом Октябрьской революции, орденом «Дружбы народов», медалью «Ветеран труда», юбилейной медалью «За доблестный труд. В ознаменование 100-летия со дня рождения Владимира Ильича Ленина», Грамотой Государственной Думы Российской Федерации.

Гоноченко А. А. награждён наградами Ставропольского края: медалью «За доблестный труд» 3, 2 и 1 степени, медалью «За заслуги перед Ставропольским краем», медалью «Герой труда Ставрополья».

Ему присвоены высокие звания: Почётный гражданин Ставропольского края, Почётный гражданин Изобильненского, Труновского и Грачёвского районов.

А.А.Гоноченко был членом КПРФ – 60 лет.